Havuzlarda bulunan bakteriler, genellikle suyun hijyenik seviyesine, havuzun temizliğine ve dezenfeksiyonuna bağlı olarak değişir. Havuzlarda bulunan yaygın bakteriler arasında Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli (E. coli), Cryptosporidium ve Legionella gibi türler bulunur.

Bunlar genellikle insan sağlığına zarar verebilecek patojenlerdir. Özellikle yetersiz dezenfeksiyon veya havuz suyunun düzenli temizlenmemesi durumunda enfeksiyon riski artabilir. Bu nedenle, havuz suyunun düzenli olarak test edilmesi ve uygun kimyasallarla (örneğin klor) dezenfekte edilmesi önemlidir.

Ayrıca, havuzda bulunan bakterilerin yanı sıra, çevredeki bitki örtüsünden, havuzun kullanımından ve diğer kaynaklardan gelen organik malzemeler de bakteri ve diğer mikroorganizmaların gelişimini teşvik edebilir. Bu nedenle, havuzların düzenli bakımı ve temizliği önemlidir, böylece sağlıklı bir yüzme ortamı sağlanabilir.